吴之荣直到书铺中发现了新版明史，方知就里，心想唯有弄到一部原版明史，才能重揭此案。杭州各家书铺之中，原版书早给庄家买清，当下前赴浙东偏僻州县搜购，岂知仍是一部也觅不到。他穷愁潦倒，只好废然还乡，也是事有凑巧，旅途之中，却在一家客店中见到店主人正在摇头晃脑的读书，一看之下，所读的便是这部「明书辑略」，借来一翻，竟是原版。这一下大喜过望，心想若向客店主人求购，一来他未必肯售，二来自己也无银子。买不起，只好偷，深夜之中悄悄起床，偷了书便即溜出店门，心想浙江全省有关官员都已受了庄允城之贿，一不做，二不休，索性告到北京城去。

吴之荣来到北京，便写了禀帖，告到礼部、都察院、通政司三处衙门，说明庄家家如何贿赂官员，改镌新版。不料在京中等不来一个月，三处衙门先後驳覆下来，都称细查庄廷鑨所著「明书辑略」一书，内容并无违禁犯例，该革职知县吴之荣所告，并非实情，显系挟嫌诬告，至於贿赂官员云云，更系捕风捉影之辞。那通政司的批驳，更是严厉，说道：「该吴之荣以贪墨被革，遂以天下清官，皆如彼之贪。」原来来庄允城受了程维藩之教，早将新版明史送到了礼部、都察院、通政司三处衙门，有关官吏师爷，也早已送礼打点。

吴之荣又碰了一鼻子灰，眼见回家已无盘缠，势将流落异乡。其时清廷对待汉人文士，极为严峻，文字中稍有犯禁，便即处死，吴之荣所告的若是寻常文人，早已得手，偏生遇着的对手是富豪之家，这才阻难重重。既无退路，心想拼着坐牢，也要将这件案子干到底，当下又写了四张禀帖，分呈四位顾命大臣；同时又在客店中写了数百张招纸，揭露其事，便在北京城中到处张贴。他这一着却大是行险，若是上官追究起来，说他危言耸听，扰乱人心，不免获罪。

那四个顾命大臣，名叫索尼、苏克萨哈、遏必隆、鳌拜，均是满洲的开国功臣。顺治皇帝逝世之时，遗诏命这四大臣辅政。其中鳌拜最为凶横，朝中党羽极众，清廷大权，几乎尽操於他一人之手。他生怕敌党对其不利，是以派出无数探子，在京城内外打探各种动静，这日得到密报，说到北京城中出现许多招贴，揭发浙江庄姓百姓著书谋叛，大逆不道，浙江官员受赂，置之不理等情。鳌拜得悉之下，立即查察，登时雷厉风行的办了起来。便在此时，吴之荣的禀帖也已递入鳌拜府中、他当即召见吴之荣，详问其事，再命手下汉人幕客细阅吴之荣所缴的那部原版明史，所言果是实情。

鳌拜初掌大权，意欲办几件大案，镇慑人心，不但使汉人不敢兴反叛之念，也令朝中敌党不敢有什么异动，当即派出钦差，赴浙江查究。这一来，庄家全家固然都逮入京中，连杭州将军松魁，浙江巡抚朱昌祚以下所有大小官员，也都革职查办。在明史上列名的文学士，无一不是琅铛入狱。

顾炎武、黄宗羲二人在吕留良家中，将此案的来龙去脉，详细道来，吕留良听得只是叹息。次日一早，吕留良全家和顾黄二人登舟东行。江南中产以上人家，家中都自备有船，须知江南水乡，河道四通八达，密如蛛网，一般人出行都是坐船，至於船夫则有的长年雇在家中，有的临时雇用，所谓「北人乘马，南人乘舟」，自古已然。

到得杭州後，自运河折而向北，这晚在杭州城外听到消息，清廷已因此案而处决了不少官员百姓，庄廷鑨已死，开棺戮尸；庄允城在狱中不堪虐待而死；庄家全数十口，十五岁以上的尽数处斩，妻女发配潘阳，给满州旗兵为奴。前礼部侍郎李令皙为该书作序，凌迟处死，四子处斩。李令皙的幼子刚十六岁，法司见杀得人多，心肠软了，命他减供一岁，因按照清律，十五岁以下者得免死充军。但那少年道：「我爹爹哥哥都死了，我也不忍独生。」终於不肯易供，一并处斩。松魁、朱昌祚入狱候审，幕客程维藩凌迟弃市。归安、乌程的两名学官处斩。

因此案牵连，寃枉而死的人亦是不计其数。湖州府知府谭帝闵到任还只半月，朝廷说他知情不报，受赂隐匿，和推官李焕，训导王兆祯同处绞刑。吴之荣对南浔富人朱佑明心下怀恨最深，那日去打秋风，给他抢白了一场，逐出门来，当下向办理此案的法司声称，该书注明依据「朱氏原稿增删润饰而成」，这朱氏便是朱佑明了。这样一来，朱佑明和他五个儿子同处斩首，朱家的千万财产，清廷下令都赏给吴之荣。

最惨的是，所有雕版的刻工、印书的刷工、装钉的钉工，以及书贾、书铺的主人、卖书的店员、买书的卖者，查明後尽皆处斩。据史书记载，其时苏州浒墅关有一个榷货主事（关吏）李尚白，喜读史书，听说苏州阊门书坊中有一部新刊的明吏，内容很好，派一个工役去买。工役到时，书店主人外出，那工役便在书铺隔壁一家姓朱的老者家中坐着等侯，等到店主回来，将书买回。李尚白读了几卷，也不以为意。过了几个月，案子发作，一直查究到各处贩书买书之人，其时李尚白在北京公干，以购逆书之罪，在北京立即斩决，书店主人和奉命买书的工役捉到杭州斩首，连那隔壁姓朱的老者也受牵累，说他既知那工役来购逆书，何以不即举报，还让他在家中闲坐 ?本应斩首，姑念年逾七十，可以免死，和妻子一同充军到边远之处。（李尚白购买事，见萧一山所著「清代通史」）